临床上因为吞咽动作不协调或者胃食管反流问题导致慢性咳嗽、肺炎、间质纤维化甚至支气管哮喘的情况非常常见，不禁令人疑惑，呼吸道和消化道的入口和中后段都是各自独立的，却唯独在咽喉部共用通道，从而成为上述疾病发生的解剖基础，那这一“共用通道”有什么积极的生理意义吗？
顺着时间线讲，最初动物没有消化道，更不需要呼吸道，就是把食物包进去，消化完再吐出来，比如水母、水螅、海葵这些。
反正那时候动物小的多，细胞可以直接从海水里获取氧气，用不着专门呼吸。后来为了方便，演化出了一个肛门，嘴里吃进去，消化道消化完，肛门排出去，比如昆虫幼虫、蚯蚓，都是这样，前面吃后面拉，便有了消化道。
脊椎动物的祖先，是滤食的古虫，古虫的生活方式就是张着大嘴在海里游，广撒网，喝的水多了，总能吃饱。但是不能指望整个消化道从喝过的水中过滤食物，水那么多，一直窜稀谁受得了，于是它们演化出了一个结构，如下图所示，鳃孔红圈部分就是鳃孔。
在澄江发现这类动物的郝诒纯院士，用母校中国地质大学的简称给这类动物命名
鳃孔起初的作用，就是排除海水，截留下大块的有机物颗粒，如下图：
这个结构，不仅可以过滤海水，还可以吸收海水里的氧气。后来古虫动物的后代脊索动物，因为运动能力提高和体型增大，耗氧量大大增加，原本体细胞直接从海水中获取氧气的方式远远不够用，于是开始利用鳃孔周围的毛细血管，从海水中吸收氧气，再由循环系统送到全身，最后鳃孔成了鱼类的鳃，后来的鱼类开始改滤食为捕食以后，鳃的主要作用就从过滤海水留下食物，变成过滤海水留下氧气。所以其实一开始，“口”就是同时负责氧气和食物的摄入。
再后来，硬骨鱼类，为了控制上浮下潜的需要，让一部分消化道形成另一个可收缩的空腔，就是鱼鳔。鱼鳔广布毛细血管，可以获取空气中的氧气，于是，在鱼类登陆后，逐渐强化鱼鳔的气体交换作用，逐渐变成了肺。我们知道有一种鱼叫肺鱼，可以长时间在陆地上生存，肺鱼的鱼鳔呼吸作用比较强大。
DNA测序证明，我们正是肺鱼的亲戚，所有陆地脊椎动物都属于肺鱼四足形纲。而大量的科普文章以及古脊椎所的古动物馆陈列里，都依然有此说法：腔棘鱼类是陆生脊椎动物的祖先。
DNA技术出现后，很多原有的形态学和化石研究确定的分类都被打破，腔棘鱼只是其中一个，其它著名的包括鳍脚类被算进熊超科；乌龟的无孔类取消，被并入主龙形类；鲸目和偶蹄目合并。但是，今天的肺鱼已经没有祖先那些原始形态了。
腔棘鱼硕大的肉鳍更有助于大家理解鱼类登陆
鼻子，则是一个很年轻的器官，鱼类有鼻孔，但是没有我们哺乳动物的鼻子。
鱼类在水下生活，鼻子自然不是用来呼吸空气的，而是嗅觉感受器，直接在口腔上开了个孔，通过流过的水感知水里的一些信息素。鱼类在逐渐演化成两栖动物的时候，这俩孔就理所当然的被用来呼吸。
鱼类和两栖类，都是有鼻孔但是没有鼻子，鼻孔是直接在口腔里开了个洞，两栖类的呼吸比起我们成熟的纯陆生脊椎动物，有很大不同。
以青蛙为例，我们今天吸气，靠的是胸腔伸缩，直接在肺部制造负压呼吸新鲜空气，但青蛙不是。青蛙靠的是口腔伸缩，制造负压从鼻子吸气，然后鼻孔关闭，咽部收缩，把空气压到肺里。因为青蛙张嘴就不能鼓气，所以，只能它靠鼻子吸气，不怎么靠嘴巴直接呼吸。
对于后来完全脱离水的陆地动物来说，就很不方便了，而且咀嚼食物时，有可能堵住鼻子。后来完全陆生的脊椎动物，就长出了次生腭，把口腔和鼻腔隔开。
红圈里就是次生腭
所以虽然鼻子看上去是个专用的呼吸道器官，但是实际上，鼻腔曾是口腔的一部分，即便是今天，鼻腔和口腔还是相连，所以鼻子真的能吃面条。其实吸鼻涕大家都干过，小时候某次玩瓜子的时候恰好感冒，玩着玩着把瓜子塞鼻孔里了，然后一吸，把瓜子和鼻涕一块吸到了嘴里……从此打开了新世界的大门。
呼吸道和食道公用咽腔，那也是没办法的事，几亿年来这本来就是一根管子，鼻子和肺才是后来加装的东西。
导致偶尔呛住的问题，其实很大程度上跟原始设计也没关系，原本，分隔呼吸道和食道的会厌软骨是足够灵敏的，很少会呛到。
我们看蛙类的骨架，会发现蛙是没有脖子的，嘴巴又大又宽，所以咽部的会厌软骨，直接在肩胛骨的下方，控制会厌软骨的神经，也就接在了最近的脊柱附近，接近心脏的位置。
二叠纪的引螈，一样是一张大嘴，喉咙长到了肩膀后
后来，脊椎动物开始缩小口腔和咽腔，开始长脖子了！但是神经既然已经接在下面了，自然也不能随便调整，只能越来越长，绕到心脏附近再回来，加上心肺胃这些器官越来越强大，远不是以前那样一段变大的消化道，变大的血管那么简单，这就让会厌软骨神经挤在一堆重要神经里，灵敏性大大降低。
同样是二叠纪时的安蒂欧兽，喉咙比起两栖类，就大大的靠前了
各种动物体内都有数不清的原始设计无法改变，比如脊椎动物的视网膜是反的。进化远远不是万能的，“意义”和“合理性”都是有限度的。
【补充说明】
1.关于鼻孔。起初鱼类的鼻孔并不通口腔，而应该是和软骨鱼类（鲨鱼、鳐鱼）一样，一个鼻孔进水一个鼻孔出水，从而做到分辨水中的信息。通口腔是后来的一些偶然导致硬骨鱼类的鼻孔通了口腔。
鱼类的分类是这样的：首先分成硬骨鱼和软骨鱼两大类，软骨鱼就是鲨鱼鳐鱼这种，硬骨鱼分成肉鳍鱼和辐鳍鱼，肉鳍鱼就是鳍比较强壮的鱼，现在只有少数肺鱼和腔棘鱼等还是我们常规意义上的鱼，大部分肉鳍鱼类都已经长出了四条腿在陆地上了，而辐鳍鱼的鱼鳍，由轻巧的辐状骨骼支撑，绝大多数鱼类都属于辐鳍鱼，是脊椎动物门第一大纲。
2.关于肺和鳔。有人说，应该是先有肺后有鳔。有些原始硬骨鱼的鳃不够发达，从而利用消化道上的毛细血管辅助吸收氧气，后来有一段消化道膨胀（消化道经常膨胀特化，反刍动物愣是膨胀出好几个胃来）形成肺。再后来，硬骨鱼的两个分支，辐鳍鱼和肉鳍鱼。肉鳍鱼选择强化肺，大部分登陆。而选择水生的辐鳍鱼（我们现在看到的绝大多数鱼，除了软骨鱼类，都是辐鳍鱼，鱼鳍里没有骨头）则选择强化鳃，而肺成了控制上浮下沉的鱼鳔。但是软骨鱼类，一开始就没有肺，所以就没有鱼鳔。
较原始的辐鳍鱼、多鳍鱼，是没有鳔有肺的。而现存的肉鳍鱼，也就是上文提到的腔棘鱼，因为在深海“苟延残喘”，肺直接退化了，只在幼年才有，长大后就退化没了，更没有鳔。
3.关于“会厌软骨神经”。真名叫喉反神经，而且喉反神经的不合理之处不是单纯口腔咽腔缩小，脖子伸长那么简单，而是因为“排线”时穿过了主动脉弓内侧，被主动脉弓拉长。
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